Таблица 14.1. (см. скан) Строение и сокращенные обозначения наиболее распространенных аминокислот
стадий образования пептидной связи. Если, например,
и каждая стадия образования пептидной связи протекает с 90%-ным выходом, общий выход составит
т. е. всего 0,13%. В другом случае — при конвергентном синтезе (сходящемся в одной точке) - единичные аминокислоты связываются в пары, получающиеся дипептиды соединяются в тетрапептиды, и все это повторяют до тех пор, пока все необходимые аминокислоты не окажутся связанными. В этом случае, если
потребуется 6 стадий реакций, рассмотренных выше, а общий выход составит
т. е. 53%, при условии, что каждая стадия протекает с 90%-ным выходом.
На практике используют обычно комбинацию этих методов — блочный метод синтеза. Продукт разделяется на малые блоки, содержащие, скажем, до 15 аминокислотных остатков. Эти блоки синтезируются часто линейным путем с использованием твердофазного синтеза (разд. 14.7.2.3). Затем блоки соединяются и образуют заданный пептид.
Блоки выбираются таким образом, что конечное связывание проводится на тех участках, где не может происходить заметная рацемизация (разд. 14.7.3).