12.11. Участки связывания NAD+ очень сходны в различных дегидрогеназах
Лактат-дегидрогеназа из скелетных мышц, представляющая собою тетрамер с мол. массой 140 кДа, и алкоголь-дегидрогеназа, димер с мол. массой обладают совершенно различной трехмерной структурой. Однако участки связывания NAD+ у них обнаруживают поразительное сходство (рис. 12.11). NAD+- связывающая область состоит из четырех ос-спиралей и шести тяжей из параллельных -слоев. Конформации NAD+ при связывании с лактат-дегидрогеназой и алкоголь-дегидрогеназой также почти одинаковы. Аденозиновый компонент NAD+ связывается в гидрофобной щели. В отличие от этого никотинамидный компонент связывается таким образом, что реакционноспособная сторона кольца оказывается в полярном окружении, тогда как другая сторона приходит в контакт с гидрофобными остатками фермента.
Связанный NAD+ имеет вытянутую конформацию (рис. 12.12), адениновое и никотинамидное кольца отстоят друг от друга на 14 А. Трехмерная структура и малат-дегидрогеназы (фермент цикла трикарбоновых кислот, разд. 13.9) также установлена с высокой степенью разрешения. Их
Рис. 12.12. Модель Приведена конформация, обнаруженная при исследовании NAD+, связанного в комплексе с лактат-дегидрогеназой.
Рис. 12.13. Конформация гексокиназы значительно изменяется при связывании глюкозы (показано красным). Две доли фермента сближаются и окружают субстрат. (Печатается с любезного разрешения д-ра Thomas Steitz.)
N AD+- связывающие участки очень сходны с таковыми в лактат-дегидрогеназе и алкоголь-дегидрогеназе. Представляется вероятным, что сходство участков связывания NAD+ в этих четырех ферментах представляет собою пример фундаментального структурного мотива NAD+-зависимых дегидрогеназ.